João Marques teve seu primeiro contato com o Direito Público em estágio realizado na Procuradoria Geral do Estado, onde assessorou os procuradores responsáveis pela representação do Estado do Paraná nas causas de Direito Tributário e Fiscal. Antes de concluir a graduação, estagiou durante dois anos no Órgão Especial do Tribunal de Justiça do Estado do Paraná.
Iniciou sua carreira como advogado compondo a equipe do departamento contencioso de um escritório em Curitiba, voltado à prestação de serviços de consultoria empresarial e assessoria jurídica, especialmente nas áreas tributária e cível.
Desde 2018 é advogado do escritório Marins Bertoldi, onde integra a equipe de contencioso tributário. É responsável pela elaboração de ações antiexacionais tributárias, bem como defesas e recursos em processos administrativos e judiciais.